অপারেশন ছাড়া মানবদেহের অভ্যন্তরের অবস্থা পর্যবেক্ষণসহ বিভিন্ন কাজে এন্ডোস্কপি করা হয়।

অপটিক্যাল ফাইবার বা এ জাতীয় ব্যবস্থায় আলোর পূর্ণ অভ্যন্তরীণ প্রতিফলন ধর্ম ব্যবহার করে শরীরের ভেতরের অবস্থা পর্যবেক্ষণ করা হয়। এন্ডোস্কপির জন্য একটি নল রোগীর মুখে প্রবেশ করানো হয়। এ নলটিকে চিকিৎসক ইচ্ছেমত নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন। ক্যামেরা এবং আলোক উৎস বাইরে থাকলেও বাঁকানো পথে আলো রোগীর শরীরে প্রবেশ করে এবং ক্যামেরার মাধ্যমে সে ছবি নেয়া হয়। একটি মনিটরের মাধ্যমে চিকিৎসক এটি পর্যবেক্ষণ করেন।

খাদ্যনালী, পাকস্থলী বা ডুওডেনাম-এর অবস্থা পর্যবেক্ষণ, বায়োপসির জন্য টিস্যু সংগ্রহ, পলিপ অপসারণ ইত্যাদি উদ্দেশ্যে এন্ডোস্কপি করা হয়। এছাড়া পরিপাকতন্ত্রে আলসার আছে কিনা সেটাও বোঝা যায় এন্ডোস্কপির মাধ্যমে। অসতর্কতাবশত পাকস্থলীতে কিছু প্রবেশের পর আটকে গেলে সেটা অপসারণের জন্যও এন্ডোস্কপি করা হতে পারে।

সাধারণত বমি, পেটে ব্যথা, অন্ত্রে সমস্যা, গিলতে অসুবিধা হওয়া, অন্ত্র রক্তক্ষরণ ইত্যাদি ক্ষেত্রে এন্ডোস্কপি করা হয় । এসব ক্ষেত্রে রোগ নির্ণয়ে এক্স-রে এর চেয়ে এন্ডোস্কপি বেশি কার্যকর।