দুটি অপারেটিং সিস্টেমের মধ্যে মূল পার্থক্য হল: উইন্ডোজ অপারেটিং সিস্টেম এর সোর্স কোড মুক্ত নয়। অর্থাৎ এটি ফ্রি না। অপরদিকে লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম এর সোর্স কোড সকলের জন্য মুক্ত বা ফ্রি। মুক্ত আপারেটিং সিস্টেম হওয়ার কারনে লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেম কাস্টমাইজ করে ব্যবহার করা যায়।