এখনও পর্যন্ত সবচেয়ে সাধারণ কারণ হল নিষিক্ত ডিমটির কোনো ত্রুটি৷ যদি ডিমটি বড় হয় ও বৃদ্ধি পায়, তবে সাংঘাতিক অস্বাভাবিকতা, যেমন, বিকৃত অঙ্গ প্রত্যঙ্গ বা কোনো কোনো অঙ্গ প্রত্যঙ্গ না থাকা অবস্থা নিয়ে শিশুর জন্ম হতে পারে৷ অতএব, বলা যেতে পারে, গর্ভপাত হল অস্বাভাবিক জন্ম ঠেকাবার জন্য প্রকৃতির একটি পদ্ধতি৷

যদি কোনো মহিলার কোনো গুরুতর অসুখ থাকে, যেমন, ম্যালেরিয়া বা সিফিলিস, খুব জোরে পড়ে যাওয়া, অথবা তাঁর জননাঙ্গের ত্রুটি বা সমস্যা থাকে, তাহলেও গর্ভপাত হতে পারে৷ কিছু ক্ষেত্রে নিষিক্ত ডিমটি গর্ভাশয়ের বদলে অন্য কোথাও স্থাপিত হওয়ার ফলে (সাধারণত ডিম্বনালীতে) গর্ভপাত হয়৷ এই ধরণের গর্ভাধানের ক্ষেত্রে সবসময়েই গর্ভপাত হয়ে থাকে, এবং এটি অত্যন্ত বিপজ্জনক হতে পারে৷