হিজড়া সন্তান জন্মানোর দুটি কারণ আলোচনা করলাম:

ক) জেনেটিক: মানুষের শরীরে মোট 23 জোড়া ক্রোমজম থাকে। এর মধ্যে এক জোড়া ক্রোমজোম লিঙ্গ নির্ধারণ করে। এক বলে স্ত্রী সেক্স ক্রোমজোম। দেহ কোণের লিঙ্গ নির্ধারণ ক্রোমজোমের মধ্যে দুটি এক্স ক্রোমজোম অপরদিকে পুরুষের একটি এক্স ও অপরটি ওয়া্ ি।ে যদি বাবা-মা উভয়ের কাছ থেকে্ একটি করে এক্স ক্রোমজোম অর্থাৎ এক্স এক্স যৌন ক্রোমজোম পায় তাহলে শিশুটি মেয়ে হবে এবং মায়ের কাছ থেকে এক্স ও বাবার কাছ থেকে ্ওয়অ অর্থাৎ এক্স ওয়া কেওামজোম পেলে ছেলে হবে। এটা আমরা কমবেশি সকলে জানি। কিন্তু ভ্রুণের পূর্ণতার স্তরগুলোতে ক্রোমজোমের প্যাটার্নের প্রভাবে ছেলে শিশুর মধ্যে অন্ডকোষ আর কন্যা শিশুর মধ্যে ডিম্বকোষ জন্ম নেয়। অন্ডকোষ থেকে নিসৃত হয় পুরুষ হরমোন এন্ড্রজেন আর ডিম্বকোষ থেকে নিসৃত হয় এস্ট্রোজেন। ভ্রুণের বিকাশকালে নিষিক্তকরণ ও বিভাজনের ফলে অস্বাভাবিক প্যাটার্ণের সৃষ্টি হয়। যেমন এক্স এক্স ওয়া অথবা এক্স ওয়া ওয়া। এর ফলে হিজড়া শিশু জন্মগ্রহণ করে।

খ) পরিবর্তিত হিজড়া: জেনেটিকভাবে হিজড়া ছাড়াও কিছু হিজড়া দেখা যায়।যে সকল হিজড়ারা জন্মগতভাবে হিজড়া হয়না তারা হল রুপান্তরিত হিজড়া। জন্মের পর বয়:প্রাপ্ত হওয়ার একটি পর্যায়ে কিছু মানুষের ভেরত বিপরীত লিঙ্গের প্রতি আকর্ষন কমে সমলিঙ্গের প্রতি আকর্ষণ বৃদ্ধি পায়। কিছু কিছু ছেলে বা মেয়েরা তাদের স্বভাবগত আচরণের বিপরীতধর্মী আচরণ করে। এসময় তাদের হরমোনের অস্বাভাবিক বৃদ্ধির কারণে ধীরে ধীরে হিজড়া হয়।

এছাড়া কিছু মানুষ বিভিন্ন হিজড়াদের প্রলোভনে পড়ে নিজের লিঙ্গ পরিবর্তন করে হিজড়াদের দলবদ্ধ হয়ে থাকে।